1.酸沉鹼萃取法。
這是傳統的分離萃取方法。 此方法利用大豆中大多數蛋白質在等電點（pH 415）沉澱的特性，將其與其他成分分離。 沉澱的蛋白質經調節pH後溶解，故稱為酸沉鹼萃取。 酸沉、鹼萃取的缺點是：酸鹼消耗量大，廢水處理成本高，產品收率低。 這種分離萃取方法有待改進。 但它仍然是工業生產的基本方法。
2、膜分離法。
根據大豆蛋白的分子量和形狀以及薄膜對大豆蛋白的適應性，選擇不同截留分子量的薄膜材料和薄膜。 大豆蛋白萃取物經超濾分離、超濾純化，消除非截留成分，符合標準。 分離出的大豆蛋白液再經超濾濃縮至所需濃度後排出，噴霧乾燥成粉狀大豆分離蛋白。
3.反膠束萃取分離方法。
反膠束是界面活性劑在有機溶劑中形成的聚集體。 界面活性劑的非極性尾部在外部並與有機溶劑接觸。 極頭在內部形成極芯。 核心具有容納水溶液的能力。 並且具有溶解蛋白質的能力，因此這種含有反膠束的有機溶劑可以用來從水相中提取蛋白質。 採用反膠束技術從全脂大豆粉中萃取大豆蛋白，一次可萃取50%左右。 大豆蛋白的萃取過程非常快，用非擴散模型來解釋是比較合理的。
此方法所需的主要儀器有：自動水分測定儀、氣浴恆溫振盪器、離心機、凱氏定氮儀、分析天平、恆溫磁力攪拌器和微量注射棒等。
影響反膠束萃取過程的主要因素包括界面活性劑的種類及濃度、水相的pH值、離子強度、溫度等。
4. 反相高效液相層析
這是一種快速分離大豆蛋白中7S和11S球蛋白的方法。 在分離條件40℃、流速1mL/min的條件下，可在9分鐘完成對應球蛋白的分離。 具體方法是：
(1)試劑和樣品。 流動相的製備使用乙腈（CAN）（HPLC級）、三氟乙酸（TFA）（HPLC級）和HPLC級水。 Tris（三甲氨基甲烷緩衝液）和 2-巰基乙醇（分析級）用於分離大豆蛋白。 大豆分離蛋白樣本可以是組織化蛋白、豆粉、豆奶和強化嬰兒大豆，其蛋白質含量在使用前測定。 將樣品用水溶解，然後用0122μm無菌多酚濾紙過濾，然後進樣。 所有樣品和標準品均在 3°C 下儲存或冷凍。 樣品溶液在分析當天新鮮製備並保存在冰上以供以後使用。
11 S 和 7 S 大豆球蛋白在各自的等電點（pH 614 和 pH 418）沉澱下分離。
(2)高效液相層析法。 帶有二極體倍增器和 HP 9153C 資料檢測系統的 Hewlett-Packard 1090 II 色譜儀，每次進樣 20 μL。 分離在填充聚苯乙烯-二乙烯基苯顆粒（300！，8μm）的PLRP-S柱（150mm×416mm內徑）上進行，柱停留時間（117min）用於通過未吸附的物質。尿。 測量嘧啶，並透過 254 nm 處的 UV 吸光度測量蛋白質。 慢速流動相A為011%三氟乙酸(TFA)水溶液； 快速流動相B為011%TFA乙腈溶液。 流動相經0145μm尼龍過濾器過濾，並以少量氮氣排氣。